利用染色體顯微切割技術建立原位基因組定序初探

Abstract

隨著阿拉伯芥被完整解序後，其他植物基因組的定序工程也陸續完成，例如：水稻、玉米、馬鈴薯等。2012年，在多國學者的合作下更完成了蕃茄基因組定序 (真染色質部分) 工作，這項成果更帶動了涵??多經濟作物的茄科植物的研究與發展。若依照傳統定序的方式，必須先建立物種基因庫和遺傳圖譜才能將物種序列進行排序，但基因庫和遺傳圖譜的建構十分耗時。因此若想發展一項新技術，在具備染色體核型圖譜 (karyotyping) 的前提下，單純以顯微切割技術再結合phi29 DNA聚合?特殊多重置換的機制，使用illustraTM GenomiPhi Amplification kit (GE Healthcare) 達到大量擴增，再將擴增產物進行解序，可省去基因庫與遺傳圖譜建構的時間。為了測定此技術可行性，將顯微切割擴增後的產物 (6L) 運用螢光原位雜交技術 (Fluorescence in situ hybridization) 回標至蕃茄第六條染色體上。實驗結果發現，6L與重複性序列45S rDNA訊號位置重疊，表示6L並非本實驗預期中第六條染色體長臂片段，也意味著對於目標區域進行顯微切割的操作過程中，準確度及穩定性具有決定性因素。因此透過本研究初探，此項技術還有?多改進之處，例如：顯微切割方式、顯微切割用染色體製備和切割後DNA品質的確認等。希望將來可以建立更完整的原位顯微切割技術，解決並改善傳統定序耗時的問題，增進未來對基因組定序的便利性與精確性。

Date of Award	2014 Aug 27
Original language	Chinese
Supervisor	Song-Bin Chang (Supervisor)