台灣原生種白花蝴蝶蘭粒線體基因組的分析

Translated title of the thesis: Analysis of the mitochondrial genome in Phalaenopsis aphrodite subsp formosana
  • 蘇 郁雅

Student thesis: Master's Thesis

Abstract

台灣白花蝴蝶蘭(Phalaenopsis aphrodite subsp formosana)為台灣原生種,在野外瀕臨絕種的植物,但在蝴蝶蘭育種上為一重要親本。本研究分析台灣白花蝴蝶蘭粒線體的基因組成。藉由抽取白花蝴蝶蘭的花部組織,經由Percoll梯度純化粒線體後,再純化粒線體DNA,利用Roche 454 GS junior pyrosequencing方式定序建構的shot-gun和8 kb mate-paired基因庫,並利用Illumina方式定序建構的shot-gun和5 kb mate-paired基因庫,而後將由這些基因庫定序出的片段(reads)進一步組裝成更長的序列,總共得到34條粒線體DNA序列,總長為682 kb,GC含量為44 7%、重複性序列佔總長的34 35%、轉座子佔5 36%。並註解出39個蛋白質編碼基因、3個rRNA、14個tRNA。蛋白質編碼基因佔mtDNA總長的6 9%,粒線體DNA含有來自葉綠體及細胞核DNA的序列,其分別佔2 1%與0 8%。利用單子葉植物與阿拉伯芥的粒線體基因組共同擁有的26個基因畫出演化親緣關係圖顯示出,白花蝴蝶蘭與大部分的禾本科植物可形成一群。
Date of Award2014 Sep 9
Original languageChinese
SupervisorChing-Chun Chang (Supervisor)

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