基於硬體運算的生物序列比對之研究

Translated title of the thesis: Investigation of Sequence Alignment by Using Hardware Operation
  • 余 政修

Student thesis: Master's Thesis

Abstract

由於生物技術的快速進步，DNA序列定序所需時間不斷縮短以及各種生物基因體計畫的進行，越來越多的生物序列資料被建構成資料庫，DNA序列資料庫中含有的序列數量已高達數百億對，如何在此龐大的序列資料庫進行正確而快速的搜尋是重要課題之一。 序列比對是生物資訊研究中最重要的研究工具，它可以比較及分析出兩條或多條序列之間的相似度，在序列比對中，兩條序列通常長度都是相當長，因此所需的處理時間相當耗時。?多演算法被研究出來降低處理時間。 本論文旨在提出基於硬體運算模擬實現了一套序列比對的資料處理流程。首先在參考序列上，利用hash函式建立布隆過濾器儲存鹼基，利用候選位置產生演算法找出最佳候選位置，減少查找過程中的比對，在使用動態規劃演算法的遞回函式，計算相似度分數與尋找最高對齊方式，完成序列比對。
Date of Award2016 Aug 17
Original languageChinese
SupervisorChi-Chuan Hwang (Supervisor)

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