廢棄鹽田在生態復育下之多源基因體研究

Translated title of the thesis: Metagenomics of deserted salterns under ecological restoration
  • 王 顥筑

Student thesis: Master's Thesis

Abstract

四草曾經為台灣著名的產鹽區,但隨著產業的式微,四草在這數十年時間已荒廢了大量鹽田,在這段時間內不同的地點有不同的動、植物進駐,而仍有?多廢棄鹽田屬於高鹽極端環境,為了探究當地微生物組成、生態意義以作為鹽田復育相關的微生物指標。 本研究選定四個時間點採集了六個不同樣點的鹽田環境,四個土樣、兩個水樣,假定這六個樣點分別為不同演替速度所造成的結果,而將這些樣本分別萃取出DNA後以16SrRNA序列作為分子條碼,探究各樣點的微生物多樣性。樣本由16S-15/884、16S-789/1053、16S-926/1392等引子經PCR增幅後,以Illumina MiSeq system 進行次世代定序(Next-generation sequencing),所得的序列經程式篩選、BLASTClust集結產生OTUs(Operational taxonomic units)及其編號,對資料庫進行比對後得到物種資訊,再利用MEGAN軟體分析樣點中已鑑定出的類群的相對百分比豐度及各樣點的alpha多樣性,計算其Bray-Curtis dissimilarity值後藉由R程式中的階層分析(Cluster dendrogram)來評估群落物種之間分佈的相似程度。 最後結果顯示有符合演替趨勢隨之增加的在phylum階層有Acidobacteria、Actinobacteria、Gemmatimonadetes、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Nitrospirae、Verrucomicrobia,反之有下降趨勢的有Spirochaetes、Lentisphaerae。而在一般觀光鹽田(仍持續曬鹽)的優勢屬有Truepera、Halothermothrix、Geobacillus廢棄鹽田(旁有蘆葦)的有Geotoga、Halocella、Caldilinea,池邊(少植物生長)的有Thiohalophilus、Dasania、Thioalkalivibrio,池邊(多植物生長)的有Thiohalophilus、Burkholderia、Thiobacter,目前仍有?多優勢菌屬仍不清楚會對該生態如何造成影響,有待更進一步的研究,而符合趨勢的菌更可作為在高鹽逆境環境微生物策略復育時之參考。
Date of Award2014 Aug 28
Original languageChinese
SupervisorTzen-Yuh Chiang (Supervisor)

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