建構一網頁工具來針對C elegans內之轉殖基因做piRNA標靶位置預測與避免基因沉默

Translated title of the thesis: Construction of a web tool to predict piRNA targeting sites and to avoid silencing for transgenes in C elegans
  • 黃 偉哲

Student thesis: Master's Thesis

Abstract

piRNA於基因組中扮演守衛的角色,辨認外來基因並引發基因沉默現象,抵禦外來病毒的入侵。但此現象於實驗研究中卻是長年困擾著學者們,piRNA的標靶致使轉殖基因遭受基因沉默,其性狀因此無法表現。線蟲piRNA標靶規則的發現為此帶來一線曙光,根據此規則我們即可較準確的預測piRNA對轉殖基因標靶之情況,並設法修改轉殖基因序列避免其遭piRNA標靶而致使基因沉默。我們研究開發pirScan網頁工具,提供生物學家線蟲物種之piRNA標靶位置預測,並根據預測結果,提供使用者序列修改之建議,以逃脫piRNA的標靶,使用者僅須透過簡單操作即可獲得修改之序列,此序列經過再次預測piRNA標靶位置,確認其不只能逃脫piRNA之標靶,亦不會造成新的piRNA標靶位置。本文首先對於線蟲piRNA做簡介,說明研究動機以及pirScan運作流程,接著討論本研究所運用的資料及其處理方式,再來介紹pirScan網頁工具實際於網頁呈現之結果,最後以實例探討比較人工測試修改序列與pirScan提供之序列修改建議,討論我們所研究開發的pirScan網頁工具之實用性。相信有了pirScan的輔助,能使生物學家在線蟲相關研究上更加順利,並使更多未知的piRNA運作機制能夠被研究探明。 pirScan網址:http://cosbi4 ee ncku edu tw/pirScan/ pirScan備用網址:http://cosbi2 ee ncku edu tw/pirScan/ 與http://cosbi5 ee ncku edu tw/pirScan/
Date of Award2018 Jul 16
Original languageChinese
SupervisorWei-Sheng Wu (Supervisor)

Cite this

'