建立在酵母菌中與砷反應相關基因之資料庫

Abstract

砷是目前普遍存在的類金屬元素，當吸收高濃度的無機砷時會讓人得到皮膚癌、肝癌、膀胱癌、肺癌還有烏腳病等，這對人體的健康影響非常的大，所以我們要找出解決的方法。目前的生物學家利用兩種實驗(例如表型篩選和基因表現分析)得到了酵母菌中?多砷相關的基因，這些砷相關的基因是對於代謝砷毒性非常重要的關鍵，但是它們目前分散於?多文獻中，想要研究的人還要一一去尋找文獻，無法快速得知，這也引發我們開發了YARG(酵母菌對抗砷相關資訊)資料庫，其中我們於NCBI中得到了9篇砷相關基因，而這些文獻是利用了兩種實驗技術來做分類，最後整合了3416個砷相關的基因，對於每個基因提供了實驗數據和類型(表型篩選或基因表現分析)。使用者可以根據搜索或瀏覽模式查詢，在搜尋模式中使用者可以用兩種方法搜尋分別是(i)輸入單一基因，主要是得到這個基因是否與砷有相關，也可以連結到SGD和YeastMine得取更多砷相關的資訊。(ii)輸入一群基因，主要是讓使用者知道這群基因到底跟砷相關性是否高，也可以藉由圖表看出在各個實驗技術出現的證據數。在瀏覽模式中使用者可以選擇三種，分別是(i)根據自己想查看的染色體去點選，此?能就是讓使用者知道我們的3416基因到底在第幾條染色體占大多數。(ii)根據表型篩選技術去查看，此?能提供了3416個基因到底有哪幾群基因是用表型篩選得到的，也可以知道它們來自哪篇文獻以及它們的實驗條件。(iii)根據基因表現分析技術去查看，此?能提供了3416個基因到底有哪幾群基因是用基因表現分析得到的，也可以知道它們來自哪篇文獻以及它們的實驗條件。而我們使用了yap1來證明出YARG可以提供?多有用的連結以及證據。也用了2008年Serero等人用鎘研究出一群砷敏感型的基因，我們利用它們來與YARG資料庫做比對，最後得到了它們與我們3416個砷相關的基因重疊率很高，此證明了砷和鎘可能會有相同的代謝路徑。YARG希望提供給想研究砷的學者更便利的做研究，YARG資料庫目前可在下列網址取得http://cosbi4 ee ncku edu tw/YARG/。

Date of Award	2017 Jun 15
Original language	Chinese
Supervisor	Wei-Sheng Wu (Supervisor)