建立特定疾病或組織中的微核醣核酸-標靶基因關係的資料庫

Abstract

微核醣核酸(microRNA miRNA)，是一個不會被轉譯成蛋白質，且長度約21至22個核甘酸(Nucleotides)，屬於非編碼的RNA（non-coding RNA）片段。微核醣核酸在DNA轉錄到RNA過程中，會和信使核醣核酸(mRNA)的3’非轉譯區(3’ untranslated region)互補結合，抑制轉錄後蛋白質的生成，影響到標靶基因的表現量，影響了細胞生長，甚至和癌症有顯著的關係。因此微核醣核酸在調控基因現象中，扮演很重要的角色。目前線上已經有?多微核醣核酸預測基因的資料庫，如microRNA org、TargetScan、DIANA-microT、miRDB等等，使用各自的演算法求出標靶基因。因為有太多預測資料庫被發展出來，造成了各自演算法求出的結果不盡相同，以及各自預測分數權重不一樣，容易造成研究學者的不便。因此有一些整合預測資料庫，將?多這些資料庫預測的結果整合在一起，讓使用者方便查看所有的預測結果。如miRSystem、miRwalk、miRecords等等。但是這些整合預測資料庫沒有提供預測結果有表現分佈在特定組織或是疾病，導致整合的預測結果數量仍然相當龐大。為了解決這方面的問題，我們建立了CSmiRTar資料庫。CSmiRTar收集了時常更新預測資料的資料庫，如miRDB microRNA org TargetScan及DIANA-microT，以及實驗證實的資料庫mirTarbase。此外也增加微核醣核酸或是基因有表現分佈在組織或是疾病的相關資料的資料庫，如DisGeNET，PhenomiR及Expression Atlas，做為CSmiRTar搜尋時的篩選器。CSmiRTar也提供使用者輸入多個微核醣核酸找出其共同調控的標靶基因，或是輸入多個標靶基因找出其共同被哪些微核醣核酸所調控。我們相信CSmiRTar友善的介面及豐富的資訊，對於研究學者來說，要探討微核醣核酸與標靶基因交互作用是在哪些組織或疾病下，是相當有幫助的。CSmiRTar資料庫目前可在下列網址取得http://cosbi ee ncku edu tw/CSmiRTar/

Date of Award	2016 Jun 28
Original language	Chinese
Supervisor	Wei-Sheng Wu (Supervisor)