評估不同計算工具利用 Illumina 雙端定序16S rDNAs 做物種鑑定之準確度

Translated title of the thesis: Evaluating accuracy of species identification using Illumina paired-end sequences of 16S rDNAs by various computational tools
  • 陳 鄧安

Student thesis: Master's Thesis

Abstract

宏觀基因體學(Metagenomics)是直接去研究環境中微生物DNA的研究。用下世代定序平台，將這些微生物DNA序列定序，將序列對上已知物種的DNA資料庫，以得知微生物的物種。下世代定序平台有Illumina和454，比以往Sanger定序能以更低的成本產生更多的序列。454定序平台可以產生序列比較長( 700-800 base pair )，但是成本較為昂貴，隨著技術的改善Illumina paired-end read定序可以達到600 base pair( 2x300 base pair )，並且以更低的成本產生更多的序列。所以使用Illumina定序平台來進行宏觀基因體學的研究越來越熱門。以往研究都是以454 single-end read定序為主(序列長度較長)，但目前還沒有研究評估物種鑑定工具對於paired-end read的準確度。本研究會以模擬的paired-end read資料為主，分別產生兩種資料: (1) large (amplicon size 大於600 base pair i e non-overlapping) and (2) small (amplicon size 400-500 base pair i e overlapping)。然後分別去用Blast RDP SOAP2和Bowtie2進行物種鑑定，計算各個物種鑑定工具的準確率。在兩種模擬資料中，使用RDP是最準確的。本研究首次探討對於paired-end read資料，RDP為較佳之物種鑑定工具。
Date of Award2015 Aug 27
Original languageChinese
SupervisorTsung-lin Liu (Supervisor)

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