順鉑抗藥性之鼻咽癌細胞轉錄組分析

  • 施 旻佑

Student thesis: Master's Thesis

Abstract

近年來,隨著次世代基因定序(Next generation sequence NGS)技術的發展,細胞內基因轉錄體(transcriptome) 分析變得相對容易且成本降低。所以我們利用次世代定序技術將不同程度抗藥性鼻咽癌細胞株進行RNA定序,並藉由比較鼻咽癌細胞內轉錄體基因表現量的差異,我們從中推論出造成細胞產生抗藥性的可能原因。依據轉錄組分析結果,我們進一步使用PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships) Classification System進行Statistical overrepresentation test得到基因的Biological Process,推測癌細胞抗藥性的原因可能與染色體的修飾與重組有關。我的論文的第一部分著重在染色體乙醯轉移?MOF在抗藥性?能的探討。MOF為組蛋白乙醯轉移?(Histone acetyltransferases HATs)屬於MYST (Moz-Ybf2 /Sas3 - Sas2 - Tip60)家族,主要參與細胞中的DNA受損反應、DNA 修復作用和DNA複製過程,並在基因特異性轉錄調控扮演重要的角色。在此我們利用具有順鉑(Cisplatin)抗藥性的鼻咽癌細胞株HONE6,將其MOF抑制後,發現細胞對於順鉑藥物的敏感度增加。同時,在DNA修復路徑中的Fanconi anemia (FA)、Post-replication repair (PRR) 和Homologous recombination (HR)相關基因表現量有下降的情形。 我的論文的第二部分是探討在酵母細胞中,MYST家族組蛋白乙醯轉移?,NuA4參與DNA的雙股斷裂的修復機制。細胞進行代謝活動或外在環境因素都有可能引起細胞損傷,其中對細胞最嚴重且致命的損傷之一,即為DNA的雙股斷裂(DNA double strand breaks DSBs)。當酵母菌(Saccharomyces cerevisiae)產生雙股斷裂時,組蛋白修飾複合體NuA4會被聚集到雙股斷裂處,並對組蛋白H2A和H4進行乙醯化修飾。當組蛋白被乙醯化修飾後,細胞染色體的結構會變得較為鬆散,使得DNA修復蛋白能順利與DNA結合進行細胞修復。而從先前的實驗我們知道NuA4的次單位蛋白Yng2和Eaf3,分別具有的PHD domain和Chromodomain可以辨認 DSBs 附近的甲基化修飾,幫助NuA4進入DNA雙股斷裂處。然而,目前卻沒有直接證據證明NuA4的確有作用於DSBs位置。所以這邊我們使用染色質免疫沉澱(Chromatin immunoprecipitation ChIP)實驗,並由結果確定NuA4作用於DNA雙股斷裂處。
Date of Award2016 Sep 10
Original languageChinese
SupervisorHung-Jiun Liaw (Supervisor)

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順鉑抗藥性之鼻咽癌細胞轉錄組分析
旻佑, 施. (Author). 2016 Sep 10

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