- 國立成功大學
- FinTech商創研究中心
- 人文社會科學中心
- 工程科技推展中心
- 工學院
- 文學院
- 水工試驗所
- 永續環境實驗所
- 生物科技中心
- 生物科學與科技學院
- 全校不分系學士學位學程
- 全校永續跨域國際碩士學位學程
- 尖端光電科技中心
- 奈米醫學研究中心
- 社會科學院
- 前瞻蝦類養殖國際研發中心
- 前瞻醫療器材科技中心
- 研究發展處
- 計算機與網路中心
- 能源科技與策略研究中心
- 副校長室
- 國立成功大學醫學院附設醫院
- 國際事務處
- 國際傷口修復與再生中心
- 教務處
- 敏求智慧運算學院
- 理學院
- 產學創新總中心
- 規劃與設計學院
- 通識教育中心
- 博物館
- 智慧半導體及永續製造學院
- 智慧製造研究中心
- 傳染性疾病及訊息研究中心
- 微奈米科技研究中心
- 跨維綠能材料研究中心
- 電機資訊學院
- 管理學院
- 學生事務處
- 醫學院
- 智慧資訊安全碩士學位學程