社會科學院正式成立于民國86年。本校以理工科起家且聞名，雖早在民國58年即成立了獨立的文學院，但三大科學領域之一的社會科學，卻始終未有機會生根，實屬憾事。 為了因應台灣民主改革、社會開放的客觀環境，並使成功大學正式邁入綜合大學的時代，民國76年8月在李士崇教授的規劃下，首先成立了「逸仙社會科學研究中心」，藉以推動社會科學的教學和研究。民國82年9月，本校第一個以社會科學為內涵的「政治經濟學研究所」正式成立並對外招生，且由李士崇教授擔任首任所長。為了滿足南台灣地區社會發展的需要，民國85年5月教育部又同時核准本校設立「教育研究所」和「法律研究所」，並於同年九月開始招生，至此社會科學院的雛形，逐漸成形架構。嗣後在政經、教育、法律三所師長及學校高層共同推動策劃下，民國86年春天正式成立「社會科學院」，此乃本校第6個嶄新學院。 草創時期社科院院務暫由教務長李建二教授代理，民國87年11月起委請「政治經濟學研究所」所長張保民教授兼代院長。民國89年2月起由香港中文大學退休主任薛天棟教授出任首屆院長。民國92年2月薛院長任期屆滿申請退休，院務暫由經濟系謝文真主任代理，並啟動對外公開遴選程序，同年9月起由曾任中正大學心理系系主任陳振宇教授擔任第二~三屆院長，持續推動院務。陳教授於民國97年7月因故卸任，同年8月1日起由副校長黃煌煇教授代理。歷經將近一年的公開遴選，民國98年8月起禮聘曾任財政部長的台大經濟系何志欽教授南下執掌院務，擔任第四~五屆院長，何教授同時也在黃煌煇校長任內兼任執行副校長，為本院爭取資源成效斐然。歷經六年院務治理，何教授於民國104年8月1日起榮任國立臺北大學校長，創下本院創院以來首位院長升任國立大學校長之殊榮。後由第六任院長，本院法律系前主任許育典特聘教授帶領本院邁向雙十年華。107年8月，許院長卸任，交棒本院心理系前主任蕭富仁教授繼續引領本院邁向巔峰。 社科院在歷任院長和代理院長的努力下積極推動新設系所的成立。民國88年9月向教育部提出政治學系和經濟學系的申請，次年審議通過，正式於90學年度招收第一屆學士班學生。法律學系也緊接著在92學年度成立；93學年度政經所博士班招收首屆學生。此外，配合國家政策發展，經教育部專案通過的科技法律研究所亦於93學年度正式招生。民國94年6月教育部通過教育所和法律所博士班以及經濟學系碩士班和認知科學研究所碩士班的申請，並於95學年度正式招收第一屆的碩博士生。此外，教育部於96年通過心理學系的申請，並於97學年度正式招生，成為 本院的第四個學系。至此，本院已發展成具有四系六所的完整規模。 本院將本著循序漸進的方式，持續推動社會學相關系所的成立，以期逐步建立社會科學的核心領域，從大學部銜接到研究所，由學士而延伸至碩、博士學位人才的培育。除了系所組織規模及人力上的擴展，社科院對外積極推動研究創新與跨域結合，運用各項院內及院際的整合型計劃案與國內外學術機構交流；對內則鼓勵師生積極發表研究論文，爭取招收外籍生等，戮力開展社科院在國內外社科領域的能見度。