生物醫學工程是將各類工程技術應用於生物醫療領域而開發各類醫療器材，本所(醫學工程研究所)創立於1988年，原僅招收博士班與碩士班研究生，自2011年起招收大學部學生，並正式更名為「生物醫學工程學系」，從大學部培養此跨領域學科人才，除致力於傳統生物力學、醫學電子、生醫材料、醫療資訊及復健科技相關領域的開發，近年更隨科技的進步並將研究領域拓展至再生醫學、奈米生醫、數位醫療及智慧醫療等。本系以工學院現有雄厚之設備、師資及資源為基礎，配合醫學院及教學醫院之設備與師資，訓練培育具有工程科學之專才，並提供生物醫學之特殊訓練及研究，使其能擔當開發醫療科技之醫工專才。同時訓練及培育臨床專科醫師之現代工程科技，使其醫療、診斷與研究能達到國際醫療科技水準。 國立成功大學醫療器材創新國際碩士班設立於民國106年，隸屬於生物醫學工程學系。本所將醫工系資源緊密連結跨學院資源，致力於育成醫療器材創新設計商品化之關鍵人材，解決未被滿足的臨床問題，克服臨床醫療的挑戰。透過整合臨床醫療資源、專業技術開發能量，以及法規/專利/營運模式與新創育成等培訓機制，培育學生在具備專業技術知識的同時，亦具備醫療器材企劃與營運之能力。學生得以由臨床需求確認與辨識，進而推進至醫療器材創新設計，並成功衍生符合市場需求的醫療器材與新創事業。除了有助於克服臨床需求面臨的挑戰，更有助益於整體醫療環境的改善。