法律學研究所奉准於84學年度籌備，自85學年度起正式招生，由蔡志方教授兼任首任所長；法律學系學士班於92學年度正式成立，由郭麗珍教授兼任首任系主任，第一屆招收新生40名，並逐年增加學生人數，95學年度以後，每年預定招收人數達60人，又為配合學校新系所成立，104學年度起預定招收人數改為58人。為因應國家及本校培養科際整合法律人才之發展及需求，93學年度成立科技法律研究所，由郭麗珍教授兼任首任所長，招收研究生16名。97學年度至102學年度，由許育典特聘教授兼任系主任（暨所長），在全系教師及同仁致力教學與照顧學生的互動下，高中生選填志願的排名已躍升為全國第三志願，並持續進步中。103學年度起，則由陳俊仁教授兼任系主任，並將以學生、教師與本系為三大核心，致力於共同成長與發展。 法律學系碩士班分組招生，原招生名額為30名，又科技法律研究所在100學年度併為法律學系碩士班丁組(科際整合法律組)，且丙組增加2個名額，故合計共48名：甲組（公法組）11名，乙組（民商法組）13名，丙組（刑法組）8名，丁組(科際整合法律組) 16名。本系於106學年度開始招收碩士學分班，持續為法學教育的深化做出貢獻。本系博士班於95學年度成立，每年預定招收博士生3名。 本系為配合台南科學及科技園區之成立與政府經貿科技發展政策、經貿社會結構之發展、兩岸關係之發展與本校建立綜合性大學與科際整合等，所需要之法學人才，而設計相關課程，以基礎法學為根基，從事與經濟之發展有密切關係之經濟、貿易、勞工、環保與科技法律等相關法學之研究。