國立成功大學醫學院微生物及免疫學研究所，包括醫學系微生物學科暨醫學院微生物及免疫學研究所和寄生蟲學科兩個單位，科所合一。現任所長兼科主任為蕭璦莉教授，本所現有七位教授、 二位副教授、三位助理教授、十一位兼任教師。微生物學科於七十三年二月成立，由黃崑巖創院院長兼任首任科主任；七十七年由翁舷誌教授兼任科主任，並於八十年八月增設微生物及免疫學研究所碩士班，由翁舷誌教授兼所長；八十三年八月由黎煥耀教授兼所長及科主任，八十九年八月由林以行教授兼所長及科主任，九十二年八月由劉校生教授兼所長及科主任，九十五年八月由楊倍昌教授兼所長及科主任，一零一年八月由何漣漪教授兼所長及科主任。九十四年經醫學院院長協調，及科務會議通過，將寄生蟲學科行政業務與微免所合併且參與微免所碩士班研究生的指導及教學。本所並與生化、藥理、生理等所於八十一年八月共同成立基礎醫學研究所博士班。本所教授之課程對象包括醫學系、醫技系及護理系等大學部學生，以及微免所碩士班與基醫所博士班研究生。101年度有碩士班學生51位，博士班學生23位。本所位於醫學院研究大樓Ｂ區11樓 及10樓，內有科所辦公室1間、實驗室15間、教授辦公室15間、研究生室7間、公用儀器室6間、準備室1間、e化教室1間、研討室1間和會議室1間，共佔地約1,000坪。