本校醫學院於1981年就核准成立，公共衛生學科於1983年成立，隸屬於醫學院醫學系，當時的教學工作主要是大學部課程，開授的課程是公共衛生學(一)及公共衛生學(二)、生物統計學，授課學生包括醫學系、職治系、物治系、醫技系、護理系等醫學院五個系。為因應時代的需求，於1997年著手規劃籌備公共衛生研究所，並於2000年8月正式成立碩士班，本所有四個主要研究方向：衛生政策、社區衛生、流行病學、生物統計。於2003年碩士班分為二組招生，甲組：衛生政策與社區衛生；乙組：流行病學與生物統計，修業課程不分組。2009年再次整合為「流行病學組」及「衛生政策組」，修業課程在必選與選修課程設計上採分組開課（分為流行病學組與衛生政策組）。於2008年8月成立博士班。於2012年起碩士班招生不分組別，修業課程不分組，但分領域開課(流行病學領域及衛生政策領域)。目前為止進入本所修業的學生相當多元，包括醫學系、護士、公共衛生系、統計系及其他衛生政策相關的學生，每屆的招生人數碩士班是15位、博士班3人。於2015年8月成立醫學院公共衛生碩士在職專班（簡稱MPH），第一屆招收9名學生。目前本所（科）編製內的教師人數是10位。