本科屬醫學系，科主任李經維 (現任)。下轄一般外科、直腸外科，心臟血管外科、胸腔外科、整形外科、小兒外科、神經外科、移植外科及外傷科共分九科及實驗外科。研究發展重點：本系研究風氣甚盛，除國科會研究專題外，院內另有研究計劃，及多名臨床醫學博士班學生，每年均有多篇研究論文發表於國內外專業期刊。 1. 移植外科：目前除行之多年的腎臟移植外，肝臟、肺臟、心臟移植均已成功開展外，也完成南部首例ABO血型不相容腎臟移植手術，更獲得國家生技醫療產業策進會的國家品質標章。已完成200例以上活體腎移植與成熟之腹腔鏡取腎。 2. 心臟血管外科：目前已完成超過千例開心手術，使本院成為南部地區開心手術的中心。並已完成57例心臟移植手術，健保署公佈心臟移植存活率本院存活率為全台之冠。2016年12月心臟外科已取得經導管主動脈瓣膜置換術認證，主動脈瓣膜置換術藉由結合影像檢查、介入治療和外科手術的技術，以降低病人高死亡率的威脅。 3. 神經外科：除了腦部血管動脈瘤、腦部動靜脈畸形等國內現有之各式神經外科手術外，神經血管手術病例數在全台名列前矛，Hybrid OR複合式手術室同時進行手術及X光透視攝影，微創脊椎手術大幅降低病患術後疼痛並縮短住院天數，最新術中神經功能監測技術降低手術風險。尚著重於顱底腫瘤手術並建有一神經生理室，研究各種神經細胞保護劑之研究。 4. 整形外科：無論顯微再接植或顯微移植手術、顱顏重建整復、先天畸形矯正、頭頸部腫瘤術後修補、燒傷重症患者救治、乃至於各類美容外科手術，無不專精兼備，斐聲南台灣，並努力肢體移植、組織工程研究。每年約有30-50例斷指再接植手術，自1988年至2015年底約共有670位病患，900多例斷指再接植手術，斷指再接植成功率約達88 %。台灣42頂尖醫療團隊之一﹗斷指再接植團隊榮獲2009國家生技醫療產業策進會國家品質標及國家生技醫療品質全國之銅獎。 5. 一般外科：專精於胰十二指腸切除術、甲狀腺副甲狀腺手術、乳癌治療、肝癌治療等手術並致力於腹腔手術之開發及機械臂手術之應用及各腫瘤基因之篩檢，專業領域技術領先全國，國內所有一般外科領域任何罕見困難手術本院均可執行，手術治療成績斐然 6. 大腸直腸外科；對於傳統上需作腹部會陰聯合切除術及人工肛門的低位直腸癌，引進術前化學治療及電療，讓腫瘤縮小進一步作肛門括約肌保留手術，免除病人需作人工肛門的夢靨。並加強大腸直腸癌之基因研究並應用於臨床以造福病患。 7. 胸腔外科：是嘉南地區最主要處理胸腔惡性腫瘤、腐蝕性上消化道炎、氣管支氣管良性狹窄和一些胸腔感染性疾病。我們在腐蝕性上消化道炎及食道重建，氣管及支氣管良性狹窄的外科處理，早期非小細胞肺癌術後預後，因子的分析都有多篇文章於知名雜誌發展，深獲同儕的認同。單孔胸腔鏡肺解剖學切除 (包括肺全切、肺葉切除及肺節切除):自2015年四月迄今超過430例，領先全國。胸腔鏡肺節切除手術 (遠較肺葉切除手術難度更高)，本院自2008年迄今已施行450例，其中單孔胸腔鏡肺節切除逾205例，領先全國，本院更挑戰更難的單孔胸腔鏡亞肺節切除手術，為病患保留更多的肺部，已施行超過40例，是微創中的微創，領先全國，接軌世界。以胸腔鏡手術治療肺結核及其併發症:數目領先全國，且幾乎是全國獨有，發表的論文是目前文獻中以胸腔鏡解剖學切除治療肺結核最大系列報導 8. 小兒外科；本院小兒外科治療小兒之先天性異常、頭胸部的外科疾病、泌尿系統疾病及兒科腫瘤。目前手術病例已達萬餘例。是南部地區最具規模之小兒外科中心。 9. 外傷科：配合醫療網的成立，本院將成為嘉南地區、嚴重創傷病患及急救醫學中心。 10. 積極尋求臨床研究服務之合作醫院，以擴大本科之臨床教學研究及醫療服務。