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早期醫學院在設計階段時,即認為需要一個好的實驗動物繁殖及代養設備,以提供具品質保證的動物做為研究之用。在醫學院尚未開始建築時,在生物系館西側設立兩個房間的動物設備,空間雖然很小,但很快的建立實驗動物的清潔度及有效率的管理模式,醫學院內也成立動物管理委員會,全權負責動物設備的籌劃,督導政策的制定及其他與動物設備相關之事宜。之後,在1987年,醫學院搬進目前位於於醫學院校區東端的科技大樓,在其內設立兩個動物代養室,並延攬當時為助教的 余俊強博士,負責動物繁殖及遺傳品質監測工作。同年,醫學院院長黃崑巖博士,聘請來自美國紐澤西州Corriel醫學研究所,對動物設備具豐富經驗的專家--黃坤正博士,負責規劃位於醫學中心東北角研究大樓頂樓的動物中心,此時醫學中心大樓正在建築當中,因此動物中心之設計乃依照需要做變更。這時黃坤正博士僅僅是顧問的名義,而醫學中心大樓接近完工,於是在1988年延攬獸醫師方柏雄老師為中心主任,動物中心至此正式成立。