廢棄鹽田在生態復育下之多源基因體研究

摘要

四草曾經為台灣著名的產鹽區，但隨著產業的式微，四草在這數十年時間已荒廢了大量鹽田，在這段時間內不同的地點有不同的動、植物進駐，而仍有?多廢棄鹽田屬於高鹽極端環境，為了探究當地微生物組成、生態意義以作為鹽田復育相關的微生物指標。 本研究選定四個時間點採集了六個不同樣點的鹽田環境，四個土樣、兩個水樣，假定這六個樣點分別為不同演替速度所造成的結果，而將這些樣本分別萃取出DNA後以16SrRNA序列作為分子條碼，探究各樣點的微生物多樣性。樣本由16S-15/884、16S-789/1053、16S-926/1392等引子經PCR增幅後，以Illumina MiSeq system 進行次世代定序（Next-generation sequencing），所得的序列經程式篩選、BLASTClust集結產生OTUs（Operational taxonomic units）及其編號，對資料庫進行比對後得到物種資訊，再利用MEGAN軟體分析樣點中已鑑定出的類群的相對百分比豐度及各樣點的alpha多樣性，計算其Bray-Curtis dissimilarity值後藉由R程式中的階層分析（Cluster dendrogram）來評估群落物種之間分佈的相似程度。 最後結果顯示有符合演替趨勢隨之增加的在phylum階層有Acidobacteria、Actinobacteria、Gemmatimonadetes、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Nitrospirae、Verrucomicrobia，反之有下降趨勢的有Spirochaetes、Lentisphaerae。而在一般觀光鹽田（仍持續曬鹽）的優勢屬有Truepera、Halothermothrix、Geobacillus廢棄鹽田(旁有蘆葦）的有Geotoga、Halocella、Caldilinea，池邊（少植物生長）的有Thiohalophilus、Dasania、Thioalkalivibrio，池邊（多植物生長）的有Thiohalophilus、Burkholderia、Thiobacter，目前仍有?多優勢菌屬仍不清楚會對該生態如何造成影響，有待更進一步的研究，而符合趨勢的菌更可作為在高鹽逆境環境微生物策略復育時之參考。

獎項日期	2014 8月 28
原文	???core.languages.zh_ZH???
監督員	Tzen-Yuh Chiang (Supervisor)