Analysis of organellar RNA editing from leaf and floral transcriptomes of Phalaenopsis aphrodite subsp formosana

摘要

台灣白花蝴蝶蘭（Phalaenopsis aphrodite subsp formosana）是台灣兩種原生種的蝴蝶蘭之一。 RNA編輯是在基因轉錄後通過核?酸修飾進行調控的重要機制。在本研究中，我們通過次世代定序的方法分析了蝴蝶蘭葉片和花朵中胞器的轉錄組。將RNA定序讀數對應到葉綠體和粒線體DNA模板序列後，由C-U或U-C轉換的讀數超過總讀數5%定義為RNA編輯。在台灣白花蝴蝶蘭葉綠體和粒線體轉錄組中分別鑑定出137次和1032次C-U和/或U-C轉換，這是迄今為止單子葉植物報導的最高數量。在葉和花組織中，葉綠體分別存在110和106個編輯位點，共有79個編輯位點。在蛋白質編碼轉錄本含有79個編輯位點，其中58個編輯位點引起了非同義替換。在葉和花組織中，粒線體分別存在978和898個編輯位點，共有844個編輯位點。在蛋白質編碼轉錄本中含有790個編輯位點，其中621個編輯位點引起了非同義替換。此外，至少31和142個編輯位點分別顯示葉綠體或粒線體中的葉片和花朵之間的顯著（?20％）差異編輯，推測可能存在一些未知的組織特異性因子來調節蝴蝶蘭的RNA編輯。最後，在葉綠體trnM中進行的RNA編輯與形成典型的三葉草結構相關。

獎項日期	2020
原文	English
監督員	Ching-Chun Chang (Supervisor)